Ця рослина є успішним бур’яном, який швидко поширюється та адаптується до умов навколишнього середовища. При цьому шкоду, яку він приносить, складно недооцінити: від повного знищення врожаю до таких хвороб, як астма та кон’юнктивіт у людей. Боротьба з ним вимагає знань    і розуміння того, що вона не буде простою. Про шкоду амброзії полинолистої для людей сказано чимало, а от її загальна шкода для сільського господарства характеризується кількома наступними пунктами.

Пригнічення культур. Стрижньовий корінь амброзії заглиблюється  у ґрунт на глибину до 4 м. При цьому вона створює велику наземну масу, яка закриває доступ прямим сонячним променям до всіх рослин, що ростуть поблизу, зокрема сільгоспкультурам. Крім того, бур’ян витісняє злаково-бобові кормові трави та, якщо потрапив до сіна — погіршує його якість.

Висушування ґрунту. На створення 1 кг власної сухої речовини амброзія витрачає 948 кг води;

Виснаження ґрунту. Для створення тієї ж кількості сухої речовини бур’ян забирає з ґрунту 15,5 кг азоту та 1,5 кг фосфору, а також інші мікроелементи.

При цьому амброзія невпинно поширюється всією Україною, а отже, завдає шкоди все більшій кількості господарств.

За сприятливих умов амброзія досягає 2 метрів висоти, щільність сходів може досягти до 5—7 тис. шт., а фітомаса — до 10 тонн на гектар. Амброзія містить алкалоїди. Поряд з високою конкурентоздатністю і пригніченням сільськогосподарських культур амброзія полинолиста містить низку гірких речовин, які погіршують смакові якості молока і молочних продуктів при поїданні рослин коровами.

Квітковий пилок амброзії шкідливий для людини. У період цвітіння, з середини липня до настання осінніх заморозків, серед населення спостерігається алергійне захворювання амброзійний поліноз. Алергію викликають білки — антигени, які містяться в пилку амброзії. Пилок амброзії, потрапляючи у ніс, бронхи, викликає сльозотечу, порушує зір, підвищує температуру тіла, відбувається різке запалення слизових оболонок верхніх дихальних шляхів, що призводить до приступів бронхіальної астми.

Для того аби завадити розповсюдженню цього карантинного організму впроваджено низку карантинних заходів, а саме:

• Категорично забороняється завезення засміченої підкарантинної продукції у вільні від бур’яну райони;
• Обов’язковий карантинний догляд та лабораторна експертиза;
• При виявленні бур’яну вантаж підлягає поверненню відправникові або очищення під контролем державного фітосанітарного інспектора, та при неможливості очищення — переведення насіннєвого матеріалу в категорію зернопродуктів та переробку;
• При виявленні насіння амброзії у кормових відходах вони підлягають переробці з розмеленням часток не більше 1 мм, а малоцінні відходи знищують під контролем державного фітосанітарного інспектора шляхом спалювання чи закопування на глибину 0,5 м;
• Проведення обстежень сільськогосподарських угідь на виявлення бур’яну в період вегетації.

Також застосовуються засоби безпеки та боротьби з бур’яном.

1. Перед цвітінням, у період бутонізації потрібно скошувати рослину або виривати із корінням та знищувати шляхом спалювання у спеціально визначених місцях;
2. На узбіччях доріг можна застосовувати гербіциди для оприскування;
3. на невеликих площах і присадибних ділянках потрібно проводити механічну боротьбу шляхом ручного прополювання і скошування в міру відростання бур’яну, а також можна використовувати натрієву і амінну сіль (2-3 кг/га) в суміші з аміачною селітрою (10 кг/га) чи сульфатом амонію.